Ciao,
Anch'io ho fatto così per la mia ma non ho avuto questo problema, anzi: la mia ruota entra tranquillamente nel vano con tutta la custodia in nylon e riesco anche a metterci altre cose dentro. Posso anche posizionare il piano del bagagliaio sulla posizione più bassa senza problemi.
Sottoscrivo la domanda di marksimon, sarebbe utile capire se intendi come altezza o come larghezza; non so, inoltre, se tra HB e TS ci siano differenze nella dimensione del vano, non ho capito se hai l'una o l'altra. Io per la mia esperienza parlo della TS.